蒙古帝國在武力擴張的階段，其實並不干涉到征服地區的宗教信仰。但是，隨著帝國的規模，宗教漸漸進入統治階層追求智慧的心靈中。
1219年中，元太祖成吉思汗下詔邀約全真教丘處機。1220年初動身。1222年四月，丘處機覲見成吉思汗。成吉思汗稱他為「神仙」。同年秋冬，成吉思汗三次召見丘處機，詢問治國和養生的方法，丘處機向他以「敬天愛民」、減少屠殺、清心寡欲等為回應。1223春天，丘處機向成吉思汗辭行，成吉思汗下詔豁免全真道的賦役，並沿途派兵護送。道教在北方，廣為傳播。 
1251年夏八思巴成為薩迦派的新教主，史稱藏傳佛教薩迦派五祖。後跟隨忽必烈左右。1255年，在忽必烈面前與西京道教辯論，他以淵博的學識，無礙的辯才，使以道教首領為首的道士理屈詞窮，俯首認輸。忽必烈遂焚道教經卷，歸還道家占據的佛剎。1260年他被忽必烈封為國師，受玉印，任中原法王，統領全國佛教。1263年歸返西藏，行前被封為藏區政教之主。
1269年，八思巴將自己根據吐蕃文字而設計的一套蒙古新文字獻給元世祖忽必烈，共有41個字母，1000多個字，同年忽必烈下詔以這套文字統一蒙古語文字。後世史學家稱這套文字為八思巴字，或稱方體字。
1270年，八思巴再次為忽必烈灌頂，元世祖為報答他的灌頂之恩和造字之功，晉封他為帝師、大寶法王。百年之間，朝廷所敬禮而尊信之者，無所不用其極。
1257年，一位名叫別兒哥的可汗改信了伊斯蘭教。旭烈兀的繼任者之一脱脱蒙哥，不僅是信仰了伊斯蘭教，而且還宣佈他是一個蘇菲派。在那以後，波斯的蒙古統治階級中有更多的蒙古人開始使用穆斯林名字。在1295年繼承了波斯王位。合贊曾是佛教徒，但之後改信了什葉派伊斯蘭教，他統領的貴族階級不久之後也改信了伊斯蘭。在他的後代的統治之下，波斯成為了穆斯林的伊兒汗國。 
1009年蒙古克烈部的統治者在高山狩獵時迷路，當他求教無門時，在異象中安抵家門。於是這位統治者令他手下20萬族人受洗，全部歸主，成為一個歸信涅斯多留派的部族。這個部族的公主唆魯忽貼尼嫁給成傑思汗的四子拖雷，這位基督徒母親養育了三位大汗（皇帝）、蒙古的大汗中國的皇帝（元世祖）及波斯伊兒汗國的大汗，基督教就是透過拖雷家族而影響整個蒙古民族，並得以直接無阻礙的進入亞洲，並影響亞洲地區的教會史。
1245年教皇依諾森四世差派方濟會教士柏朗嘉賓與本篤到了蒙古貴由的宮廷（貴由—成吉思汗的孫子），見到那裡已有眾多景教徒。但是勸貴由改信基督教一事，則無進展。
初期的儒釋道三教合一，基本上在戰亂的北方，由全真道提倡。https://youtu.be/XveLUf5T1sE
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